Langsung ke konten utama

BIOINFORMATIK

 

BIOINFORMATIK

Akuakultur telah tercatat sebagai industri penghasil makanan dengan perumbuhan paling cepat di dunia yang berkontribusi hingga 60-70%. Pertumbuhan akuakultur dipengaruhi oleh berbagai faktor. Kegiatan budidaya di bidang akuakultur tidak terlepas dari kecanggihan teknologi. Zaman yang semakin maju juga didukung oleh kemajuan ilmu pengetahuan. Ilmu pengetahuan dan teknologi yang semakin maju selalu berdampingan. Ilmu pengetahuan akan bernilai sia-sia jika tidak dapat memanfaatkan teknologi yang canggih begitu juga sebaliknya. Perkembangan teknologi di zaman sekarang ini merupakan pengaruh dari ledakan data dalam jumlah masif yang disebut dengan big data (Cahyo 2018).

Data hasil penggabungan ilmu pengetahuan dan ilmu komputer biasanya diterapkan hampir di berbagai bidang ilmu termasuk ilmu biologi molekuler. Bentuk penerapan dari penggabungan ilmu pengetahuan dan komputer adalah bioinformatika. Bioinformatika dapat diartikan sebagai gabungan berbagai ilmu seperti matematika, biologi dan informatika. Secara sederhana, ilmu ini dikembangkan untuk menitikberatkan informasi sekuens DNA dalam merancang sekuen primer. Bioinformatika dalam arti luas dapat didefinisikan sebagai suatu ilmu yang mempelajari berbagai ilmu untuk menganalisis informasi biologi molekuler. Bioinformatika berfungsi sebagai sistem proses pencarian spesies yang sama yang memiliki keterkaitan dengan GeneBank (Narita et al. 2012).

 Bioinformatika pertama kali diperkenalkan oleh Margaret Dayhoff seorang ahli kimia tahun 1960 yang saat itu digunakan untuk mengetahui struktur primer protein dengan menggunakan alat yaitu Comprotein. Kemajuan zaman juga memiliki dampak terhadap perkembangan bioinformatika. Beberapa perangkat lunak yang banyak digunakan untuk bioinformatika antara lain genequiz, mummer, swissknife dan phred-phrap-consed yang banyak dimanfaatkan sebagai perangkat lunak untuk menganalisis penyesuaian genom (Gauthier et al. 2019). Teknik yang diterapkan dalam bioinformatika antara lain struktur protein 3D, ekspresi data, dan pohon filogenetik (Narita et al. 2014). Bioinformatika memiliki beberapa tujuan yakni mengelompokkan data yang dapat dijangkau dan dapat memuat bank data yang memiliki fungsi untuk menyimpan sekuen DNA maupun protein yang didapat. Bioinformatika juga memiliki tujuan menganalisis data biologi dengan memanfaatkan perangkat lunak untuk menyimpan sekuen homolog yang disebut dengan BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) (Costa et al. 2016).

Bionformatika memiliki beberapa tahapan salah satunya analisis. Berdasarkan penelitian yang dilakukan Fanur (2018), analisis bioinformatika yang dilakukan menggunakan perangkat lunak bernama MEGA (Molecular Evalutionary Genetics Analysis) dengan menggunakan akses di situs www.ncbi.nlm.nih.gov untuk menyandingkan sekuen DNA sampel. Penerapan bioinformatika banyak digunakan di bidang kesehatan dan deteksi penyakit termasuk di bidang akuakultur (Chaudhary et al. 2014). Bioinformatika sering dikombinasikan dengan teknik PCR (Polymerase Chain Reaction) (Kadriah et al. 2014). Hubungan antara bioinformatika dan PCR secara umum diketahui melalui hasil penentuan sekuen primer. PCR sebagai proses pengolahan berbasis DNA digunakan dalam bioinformatika karena memberikan hasil yang akurat dalam hal ketahanan dan bersifat spesifik (Costa et al. 2016). Sekuen primer yang spesifik akan memberikan hasil yang baik. Primer yang dianalisis biasanya menggunakan BLAST (Basic Local Alignment Search Tool). Analisis primer menggunakan BLAST dengan GeneBank NCBI mengambill sekuens primer kemudian dibandingkan dengan sekuen yang sudah ada pada beberapa kumpulan database dari organisme. Hasil persentase yang dihasilkan menunjukkan kesamaan antara primer dan gen yang digunakan dan menghasilkan  primer spesifik yang banyak (Saraswati et al. 2019).

 

 

 

 

 

DAFTAR PUSTAKA

Cahyo DBL. 2018. Implementasi metode support vector machine untuk melakukan klasikasi pada       data bioinformatika [skripsi]. Yogyakarta (ID): Universitas Islam Indonesia.

Chaudhary R, Singh U, Sharma P, Takshak S. 2014. Bioinformatics as an emerging tool for biological and medical fields. Biomirror. 5(3): 19-23.

Costa A, Mafra I, Olivetra MBPP, Amara JS. 2016. Encyclopedia of food and health. RMFS. 177-183.

Fanur SA. 2018. Identifikasi fillet ikan beku tanpa label dengan metode DNA Barcoding dan   analisis bioinformatika [skripsi]. Bogor (ID): Institut Pertanian Bogor.

Gauthier J, Vincent AT, Charette SJ, Derome N. 2019. A brief history of bioinformatics. Briefings in bioinformatics. 20(6): 1981-1996.

Kadriah IAK, Susianingsih E, Sukenda S, Yuhana M, Harris E. 2014. Desain primer spesifik untuk deteksi dini penyakit Vibriosis pada udang penaeid. Jurnal Riset Akuakultur. 8(1): 131-143.

Narita V, Arum AL, Isnaeni S, Fawzy NY. 2012. Analisis bioinformatika berbasis web untuk    eksplorasi enzim kitosanase berdasarkan kemiripan sekuens. Jurnal Al-Azhar Indonesia Seri Sains dan Teknologi. 1(1): 197-203.

Narita V, Arum AL, Isnaeni S, Fawzya NY. 2014. Analisis bioinformatika berbasis web untuk eksplorasi enzim kitosanase berdasarkan kemiripan sekuens. Jurnal Al-Azhar Indonesia Seri Sains dan Teknologi. 1(4): 197-203.

Komentar

Posting Komentar

Postingan populer dari blog ini

Manfaat dan bahaya sayur bayam

        Sayur adalah pangan yang kaya akan zat gizi seperti vitamin,mineral,serat,dan antioksidan. Karena kandungan gizinya yang tinggi, para dokter dan ahli gizi di seluruh dunia menganjurkan masyarakat untuk mengkonsumsi sayuran secara rutin. Selain itu banyak penelitian yang membuktian bahwa mengkonsumsi sayur secara rutin memiliki banyak manfaat bagi kesehatan.    Namun, perlu diketahui bahwa ternyata sayur bayam juga memiliki bahaya bagi kesehatan tubuh lho! 1. SEJARAH SAYUR BAYAM      Sayuran yang memiliki nama ilmiah Amaranthus sp . ini dianggap sebagai raja sayuran karena kandungan gizinya yang tinggi. Bayam berasal dari Amerika Selatan dan Tengah. Bermula dari suku asli meksiko,Aztec,yang telah membudidayakan bayam berjuta tahun lalu. Dikalangan suku tersebut Bayam merupakan tanaman yang penting dari bagian kebudayaan mereka. Bahkan, mereka membuat patung-patung dewa dari adonan bayam,yang akhirnya akan dimakan. Bukan hanya i...
Posting Komentar
Baca selengkapnya

CARA MENDAPATKAN SERTIFIKAT GRATIS DI MASA PANDEMI

 Hai teman-teman,      Pandemi Covid-19 yang belum kunjung mereda membuat banyak masyarakat jenuh. Keterbatasan untuk mengakses hal-hal baru juga hanya bisa dilakukan dirumah melalui online. Keinginan untuk meningkatkan prestasi juga sulit dilakukan diluar rumah.     Terkadang kita sering merasa down  karena melihat prestasi teman-teman kita yang terus berkembang meskipun di masa pandemi. Tidak sedikit mereka mendapatkan E-Certificate . Daripada menghabiskan waktu untuk hal-hal yang tidak berguna, lebih baik kita meningkatkan kemampuan diri kita di masa pandemi. "Hmmm, pasti bayar nih!"     NO!  Sertifikat ini bisa kalian dapatkan dengan gratis lho! Berikut daftar website untuk mengasah kemampuan teman-teman dan mendapatkan sertifikat gratis! 1) Microsoft 365  Teman-teman bisa kunjungi  link berikut untuk mendapatkan sertifikat gratisnya:  Caranya mudah banget, teman-teman cukup mendaftar menggunakan email teman-teman. Se...
1 komentar
Baca selengkapnya

GAYA REMAJA MASA KINI

PENGERTIAN Gaya hidup merupakan gambaran bagi setiap orang yang menggambarkan seberapa besar nilai moralorang tersebut dalam masyarakat di sekitarnya dan bagaimana cara orang tersebut hidup. Sebagian besar remaja zaman sekarang itu menyalahgunakan gaya hidupnya, apalagi remaja-remaja yang hidup di kota metropolitan. Dan bukan hanya orang-orang di kota metropolitan saja yang mengikuti trend mode di zaman sekarang dahkan di perkampungan dan pedesaan pun banyak yang mengikutinya selagi mereka menanggapi hal itu dengan negatif. Remaja zaman kini itu selalu dikaitkan dengan teknologi. Banyak di sekitar kita wanita yang memakai celana pendek di depan umum yang di ajarkan dalam ajaran islam yaitu harus menutup aurat kecuali telapak tangan dan muka bagi seorang wanita yang beragama islam. Sebagian besar mereka lebih mengikuti trendmode di masa kini, seperti contohnya berpakain seperti orang luar negeri dan bergaya kebarat-baratan. Yang kita tahu bahwa trend mode yang ada di luar negeri itu ...
1 komentar
Baca selengkapnya