Langsung ke konten utama

DESAIN PRIMER

 

DESAIN PRIMER

            Bioinformatika sebagai gabungan ilmu komputer, matematika, biologi dan statistika berperan penting dalam mengatur dan menganalisis informasi biologis. Teknik analisis molekuler yang sudah banyak di gunakan hampir di seluruh dunia antara lain PCR, flow cytometry, tissue microarray, dan diagnosis genetik. PCR salah satu teknik yang paling banyak digunakan dan diterima secara luas untuk diagnosis yang membutuhkan spesifisitas hingga sensitivitas yang sangat tinggi. Kegunaan PCR dalam mendeteksi penyakit, kloning gen hingga komputasi DNA. Aspek yang paling penting untuk membuat alat PCR yang spesifik dan efisien adalah dengan mendesain primer. Primer dapat diartikan sebagai molekul oligonukleotida untai tunggal yang terdiri atas 28-30 basa. Desain primer sangat menentukan keberhasilan dalam sekuensing DNA.  Sekuen DNA primer akan digunakan dalam amplifikasi dengan metode PCR. Hasil sekuen gen yang didapatkan dapat dimanfaatkan dalam identifikasi spesies, taksonomi dan analisis kekerabatan (Suparman et al. 2016). Desain primer yang digunakan dalam PCR yakni reverse primer dan forward primer. Primer yang digunakan harus memenuhi kriteria primer yang baik meliputi panjang primer, %GC, Tm (melting temperature), interaksi primer (dimers dan hairpins), repeats, runs dan false priming. Primer yang memiliki panjang lebih dari 30 basa tidak disarankan karena tidak menunjukkan spesifisitas yang lebih tinggi dan dapat berakibat terhibridasi dengan primer lain sehingga tidak membentuk polimerisasi DNA (Sasmito et al. 2014).

            Desain primer dapat diperoleh menggunakan bantuan software berbasis bioinformatik. Primer yang layak digunakan secara otomatis dapat ditentukan oleh software. Terkadang hasil pemilihan primer secara otomatis sering tidak sesuai dengan harapan sehingga masih diperlukan kerja manual dari pengguna nya. Beberapa software yang digunakan dalam melakukan desain primer secara manual antara lain Oligo Analyzer 1.0.2. dan Oligo Explorer 1.1.0 (Pahlevi 2016).

 

 

 

 

 

 

 

DAFTAR PUSTAKA

Abdullah A, Nurilmala M, Sitaresmi KP. 2019. DNA mini barcodes sebagai penanda molekuler    untuk ketelurusan label pangan berbagai produk ikan layur. Jurnal Pengolahan Hasil Perikanan Indonesia. 22(1): 33-40.

Abdullah A, Sativa HA, Nurhayati T, Nurilmala M. 2019. Pemanfaatan DNA barcoding untuk            ketertelusuran label berbagai produk olahan ikan berbasis surimi komersial. Jurnal           Pengolahan Hasil Perikanan Indonesia. 22(3): 508-519.

Maitriani LKB, Wirajana IN, Yowani SC. 2015. Desain primer untuk amplifikasi fragmen gen         inhA isolate 134 multidrug resistance tuberculosis (MDR-TB) dengan metode        polymerase chain reaction. 3(2): 89-96.

Maulid DY, Nurilmala M. 2015. DNA barcoding untuk autentikasi produk ikan tenggiri   (Scomberomorus sp). Jurnal Akuatika. 6(2): 154-160.

Pahlevi MR. 2016. Desain primer untuk identifikasi gen GmDREB2 pada kedelai. Jurnal   Agronis. 1(1): 1-8.     

Pradnyaniti DG, Wirajana IN, Yowani SC. 2013. Desain primer secara in silico untuk amplifikasi fragmen gen rpoB Mycobacterium tuberculosis dengan polymerase chain           reaction (PCR). Jurnal Farmasi Udayana. 2(3): 124-130.

Saraswati H, Seprianto, Wahyuni FD. 2019. Desain primer secara in silico untuk amplifikasi gen   cryIII dari Bacillys thuringiensis isolat lokal. Indonesian Journal of Biotechnology and        Biodiversity. 3(1): 33-38.

Sasmitha LV, Yustiantara PS, Yowani SC. 2018. Desain dna primer secara in silico sebagai           pendeteksi mutasi gen gyrA Mycobacterium tuberculosis untuk metode polymerasi chain             reaction. Cakra Kimia Indonesia. 6(1): 63-69.

Sasmito DEK, Kurniawan R, Muhimmah I. 2014. Karakteristik primer pada polymerase chain           reaction (PCR) untuk sekuensing DNA: mini review. 93-102.

Suparman, Ahmad H, Ahmad Z. 2016. Desain primer pcr secara in silico untuk amplifikasi gen   coi pada kupu-kupu Papilio Ulysses Linnaeus dari Pulau Bacan. Jurnal Pendidikan         Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam 7(1): 14-24.

Syahputra D, Sari R, Apridamayanti P. 2012. Desain primer spesifik gen tetB (tetracycline resistance protein) bakteri Bacillus subtilis. Jurnal Mahasiswa Farmasi Fakultas             Kedokteran Untan. 4(1): 1-11.

 

Komentar

Posting Komentar

Postingan populer dari blog ini

Manfaat dan bahaya sayur bayam

        Sayur adalah pangan yang kaya akan zat gizi seperti vitamin,mineral,serat,dan antioksidan. Karena kandungan gizinya yang tinggi, para dokter dan ahli gizi di seluruh dunia menganjurkan masyarakat untuk mengkonsumsi sayuran secara rutin. Selain itu banyak penelitian yang membuktian bahwa mengkonsumsi sayur secara rutin memiliki banyak manfaat bagi kesehatan.    Namun, perlu diketahui bahwa ternyata sayur bayam juga memiliki bahaya bagi kesehatan tubuh lho! 1. SEJARAH SAYUR BAYAM      Sayuran yang memiliki nama ilmiah Amaranthus sp . ini dianggap sebagai raja sayuran karena kandungan gizinya yang tinggi. Bayam berasal dari Amerika Selatan dan Tengah. Bermula dari suku asli meksiko,Aztec,yang telah membudidayakan bayam berjuta tahun lalu. Dikalangan suku tersebut Bayam merupakan tanaman yang penting dari bagian kebudayaan mereka. Bahkan, mereka membuat patung-patung dewa dari adonan bayam,yang akhirnya akan dimakan. Bukan hanya i...
Posting Komentar
Baca selengkapnya

CARA MENDAPATKAN SERTIFIKAT GRATIS DI MASA PANDEMI

 Hai teman-teman,      Pandemi Covid-19 yang belum kunjung mereda membuat banyak masyarakat jenuh. Keterbatasan untuk mengakses hal-hal baru juga hanya bisa dilakukan dirumah melalui online. Keinginan untuk meningkatkan prestasi juga sulit dilakukan diluar rumah.     Terkadang kita sering merasa down  karena melihat prestasi teman-teman kita yang terus berkembang meskipun di masa pandemi. Tidak sedikit mereka mendapatkan E-Certificate . Daripada menghabiskan waktu untuk hal-hal yang tidak berguna, lebih baik kita meningkatkan kemampuan diri kita di masa pandemi. "Hmmm, pasti bayar nih!"     NO!  Sertifikat ini bisa kalian dapatkan dengan gratis lho! Berikut daftar website untuk mengasah kemampuan teman-teman dan mendapatkan sertifikat gratis! 1) Microsoft 365  Teman-teman bisa kunjungi  link berikut untuk mendapatkan sertifikat gratisnya:  Caranya mudah banget, teman-teman cukup mendaftar menggunakan email teman-teman. Se...
1 komentar
Baca selengkapnya

GAYA REMAJA MASA KINI

PENGERTIAN Gaya hidup merupakan gambaran bagi setiap orang yang menggambarkan seberapa besar nilai moralorang tersebut dalam masyarakat di sekitarnya dan bagaimana cara orang tersebut hidup. Sebagian besar remaja zaman sekarang itu menyalahgunakan gaya hidupnya, apalagi remaja-remaja yang hidup di kota metropolitan. Dan bukan hanya orang-orang di kota metropolitan saja yang mengikuti trend mode di zaman sekarang dahkan di perkampungan dan pedesaan pun banyak yang mengikutinya selagi mereka menanggapi hal itu dengan negatif. Remaja zaman kini itu selalu dikaitkan dengan teknologi. Banyak di sekitar kita wanita yang memakai celana pendek di depan umum yang di ajarkan dalam ajaran islam yaitu harus menutup aurat kecuali telapak tangan dan muka bagi seorang wanita yang beragama islam. Sebagian besar mereka lebih mengikuti trendmode di masa kini, seperti contohnya berpakain seperti orang luar negeri dan bergaya kebarat-baratan. Yang kita tahu bahwa trend mode yang ada di luar negeri itu ...
1 komentar
Baca selengkapnya