EKSTRAKSI RNA

 

EKSTRAKSI RNA

            Ekstraksi atau isolasi asam nukleat dapat diartikan teknik dasar yang harus dikuasai dalam mempelajari teknik biologi molekular. Ekstraksi asam nukleat akan memisahkan asam nukleat dari komponen sel lainnya seperti protein, karbohidrat,  dan lemak sehingga asam nukleat yang diperoleh dapat dianalisis atau dimodifikasi lebih lanjut dengan teknik biologi molekular lainnya. Ekstraksi asam nukleat ini berguna untuk meneliti bahan yang bersifat mikro dengan alat-alat yang bersifat mikro. Terdapat dua metode ekstraksi asam nukleat yaitu ekstraksi DNA dan RNA. Kedua metode tersebut hampir mirip prosesnya, namun molekul RNA relatif pendek dan lebih sulit rusak dengan shearing sehingga disrupsi sel dapat dilakukan dengan lebih agresif. RNA atau Ribonucleic acid dapat diartikan sebagai materi genetik atau polimer nukleotida yang merupakan hasil transkripsi DNA yang ditranslasikan menjadi protein (Karuwal 2021). RNA tersusun atas satu gula ribose, satu basa nitrogen dan satu gugus fosfat (Suhermiati 2015). Basa pirimidin RNA terdiri atas urasil (U) dan sitosin (C) sedangkan basa purin RNA terdiri aras adenin (A) dan guanin (G) (Masrurotullaily et al. 2020).  RNA berkualitas tinggi merupakan bahan yang sangat krusial pada tahap awal penelitian biologi molekuler. RNA dengan konsentrasi dan kualitas tinggi merupakan suatu keharusan pada penelitian dengan teknik quantitive real-time RT PCR, konstruksi cDNA library, dan micro array (Pereira et al. 2017). RNA dengan kualitas baik akan menghasilkan total RNA yang tersusun dari 1-3% mRNA dan 80% tRNA dengan rasio 25s:18s s Tahap isolasi dan ekstraksi RNA memerlukan ketelitian yang tinggi karena RNA mudah terdegradasi akibat adanya aktivitas RNAse yang menyebar di lingkungan maupun laboratorium (Zulaeha et al. 2019).

            Ekstraksi RNA umumnya digunakan untuk analisis ekspresi gen, analisis kekerabatan, deteksi penyakit dan studi fungsi sel dan biologi tubuh. Metode ekstraksi RNA dapat dilakukan menggunakan dua metode yaitu konvensional dan kit komersial. RNA dalam jumlah yang banyak dihasilkan oleh metode konvensional namun memerlukan waktu yang lebih lama dan kontaminasi DNA yang tinggi. RNA dengan kualitas baik dan waktu yang singkat dihasilkan oleh metode kit komersial (Habib et al. 2014).  Sistem kerja ekstraksi RNA dengan kit komersial mengandalkan kerja membran silika untuk mengikat RNA total sampel dan kemudian mencuci inhibitor-inhibitor melalui membran tersebut sehingga dihasilkan RNA dengan kemurnian yang tinggi, namun metode kit komersial tidak selalu memberikan hasil amplifikasi yang baik (Adiputra et al. 2012).

 Secara umum, metode  ekstraksi RNA   berbasis  pada fenol/kloroform   dan   spin kolom.   Metode   ekstraksi   RNA   berbasis fenol atau kloroform menghasilkan   RNA lebih banyak   dibandingkan dengan metode   spin   kolom, tetapi metode spin kolom menghasilkan  RNA   yang berkualitas. Ekstraksi total diperlukan agar RNA dapat diakses atau diisolasi dari dalam sel untuk digunakan dalam analisis ekspresi gen. Metode ekstraksi RNA yang paling umum digunakan yaitu acid guanidium thiocyanate-phenol-chloroform (AGPC) yang dimulai oleh tahapan lisis, phase separation, RNA binding, RNA wash dan Dilution (Tesena et al. 2017).

DAFTAR PUSTAKA

Adiputra J, Hidayat SH, Damayanti TA. 2012. Evaluasi tiga metode preparasi RNA total untuk      deteksi turnip mosaic potyvirus dari benih Brassica rappa dengan reverse transcription-  polymerase chain reaction. Jurnal Fitopatologi Indonesia. 8(2): 44-44.

Habib SH, Saud HM, Kausar H. 2014. Efficient oil palm total RNA extraction with a total RNA    extraction kit. Genet Mol Res.13(2): 359-2367.

Karuwal RL. 2021. Analisis dan kuantitas RNA total varietas kacang tunggak (Vigna           unguiculata L) asal     Kabupaten Maluku Barat Daya. Biopendix: Jurnal Biologi        Pendidikan dan Terapan. 7(2): 102-108.

Masrurotullaily, Dhiyaa A,Nasution NEA. 2020. Studi penerapan lintasan Hamilton dalam         rekonstruksi    rantai RNA. Jember (ID): Institut Agama Islam Negeri (IAIN) Jember.

Pereira WJ, Bassinello PZ, Brondani C, Vianello RP. 2017. An improved method for RNA     extraction from common bean seeds and validation of reference genes for qPCR. Crop           Breeding and Applied Biotechnology. 17: 150-158.

Suhermiati I. 2015. Analisis miskonsepsi siswa pada materi pokok sintesis protein ditinjau dari   hasil belajar biologi siswa. Berkala Ilmiah Pendidikan Biologi (BioEdu). 4(3): 985-990.

Tesena P, Korchunjit W, Taylor J, Wongtawan T. 201. Comparison of commercial RNA        extraction kits and qPCR master mixes for studying gene expression in small biopsy      tissue samples from the equine gastric epithelium. Journal of equine science.28(4): 135-            141.

Zulaeha S, Purwoko D, Cartealy I, Tajuddin T, Khairiyah H. 2019. Perbandingan tiga kit ekstraksi RNA untuk analisis transkiptomika pada kelapa sawit (Elaeis guineensis Jacq.). Jurnal Bioteknologi & Biosains Indonesia. 6(1): 118-129.