Langsung ke konten utama

PRINSIP DAN ANALISIS EKSPRESI GEN

 

PRINSIP DAN ANALISIS EKSPRESI GEN

            Ikan memiliki gen yang diekspresikan secara konstitutif pada seluruh atau beberapa jenis sel dan gen yang diekspresikan berbeda-beda bergantung pada kondisi yang dihadapi organisme. Ekspresi gen tersebut secara molekuler dapat dideteksi pada tahap transkripsi (mRNA) maupun translasi protein. Penggunaan PCR atau Polymerase Chain Reaction di lingkungan akuakultur telah banyak dilakukan. Metode PCR yang paling umum dikenal yaitu secara konvensional, namun terdapat juga metode PCR yang dinilai lebih akurat dalam mendeteksi suatu penyakit atau kekerabatan di lingkungan akuakultur yang disebut dengan Real-time PCR atau quantitative PCR (QPCR) yang merupakan metode yang sensitive untuk mendeteksi dan mengukur kualitas mRNA. Prinsip kerja qpcr yakni mengkuantifikasi berdasarkan keberadaan reporter fluorescens. Sinyal fluorescens akan meningkat seiring dengan pertambahan ampliko atau produk PCR dalam reaksi yang berhubungan dengan jumlah inisiasi gen target. Semakin tinggi tingkat ekspresi gen target maka semakin cepat deteksi emisi fluoresen terjadi (Dima et al. 2015).

                        Ekspresi gen dapat diartikan sebagai suatu proses menerjemahkan informasi genetik dalam bentuk urutan basa pada DNA atau RNA menjadi protein yang melibatkan banyak faktor. Ekspresi gen di dalam sel memerlukan dua proses yakni transkripsi dan translasi.  Transkripsi terjadi di nukleus dimana DNA akan diterjemahkan menjadi kode-kode dalam bentuk basa nitrogen membentuk rantai RNA yang bersifat single strain. Transkripsi merupakan proses yang mengawali ekspresi sifat-sifat genetik. Translasi atau dikenal sebagai sintesis protein berlangsung di ribosom. Kuantifikasi ekspresi gen dilakukan menggunakan metode comparative CT yakni menggunakan rumus matematis untuk menghitung perbedaan tingkat ekspresi pada gen target (Wibisono dan Putri 2021). Ekspresi gen  dapat dianalisa dengan membandingkan nilai Ct gen target dengan housekeeping gene, sedangkan data kuantitatif didasarkan pada jumlah kopi (copy number) yang didapatkan dari perhitungan ∆CT. Analisa nilai ekspresi gen dari realtime PCR menggunakan relative quantification (Sofia et al. 2018).

            Analisis ekspresi gen dapat dilakukan dengan cara penyelidikan tertentu terhadap data micro array untuk mengetahui suatu gambaran gen serta gen yang digambarkan untuk melihat dan mengidentifikasi gen dalam tubuh (Segundo dan Sanz 2016). Berdasarkan penelitian yang dilakukan  Lestari et al. (2019), analisis ekspresi gen penyandi growth hormone pada ikan nilem (Ostheocilus hasselti) memiliki proses pada sekuen dan ekspresi gen yang sudah dipelihara dengan perlakuan pemberian hormon pada pakan sesuai dengan protein yang diinginkan kemudian dianalisis menggunakan metode semi-quantitative RT-PCR menunjukkan hasil yang sesuai baik dalam pertumbuhan ikan dengan hari yang cukup singkat. Penelitian yang dilakukan Dewi et al. (2012) menunjukkan bahwa analisis ekspresi gen PhGH eksogen pada ikan patin siam dilakukan pada individu yang positif membawa gen PhGH eksogen pada sirip ekornya, dari lima ekor ikan yang diidentifikasi semuanya menunjukkan bahwa gen PhGH terekspresi pada ikan patin siam.

 

 

 

DAFTAR PUSTAKA

Dewi RRSPS, Alimuddin, Sudrajat AO, Sumantadinata K. 2012. Efektivitas transfer dan ekspresi         gen PhGH pada ikan patin siam (Pangasianodon hypopthalmus). Jurnal Riset Akuakultur.    7(2): 171-180.

Dima AOM, Solihin DD, Manalu W, Boediono A. 2015. Profil ekspresi gen determinasi seks, bioreproduksi, fenotipe, dan performa lokomotori penyu lekang (Lepidochelys olivacea)    yang diinduksi pada suhu inkubasi berbeda. Jurnal Ilmu dan Teknologi Kelautan Tropis.             7(1): 143-155.

Lestari, Indah D, Soelistyowati A, Tri D. 2019. Analisis ekspresi gen penyandi growth hormone      ikan nilem (Osteochilus hasselti) [skripsi]. Bogor (ID): Institut Pertanian Bogor.

Segundo-vai LS, Sanz LCS. 2016. Introduction to gen expression analysis. Moleculer of Genetic           of a Sthma. 1434 (3): 29-43.

Sofia V, Ali H, Rahmadian R, Amita F. 2018. Ekspresi gen tissue inhibitor metalloproteinase-1             pada sel sinoviosit osteoarthritis grade IV setelah pemberian diacerein. Jurnal Kesehatan     Andalas. 7(1): 19-25.

Wibisono IS, Putri MA. 2021. Analisis ekspresi gen menggunakan medical imaging untuk           pendeteksi penyakit. Jurnal Cakrawala Informasi. 1(2): 42-50.

Komentar

Posting Komentar

Postingan populer dari blog ini

Manfaat dan bahaya sayur bayam

        Sayur adalah pangan yang kaya akan zat gizi seperti vitamin,mineral,serat,dan antioksidan. Karena kandungan gizinya yang tinggi, para dokter dan ahli gizi di seluruh dunia menganjurkan masyarakat untuk mengkonsumsi sayuran secara rutin. Selain itu banyak penelitian yang membuktian bahwa mengkonsumsi sayur secara rutin memiliki banyak manfaat bagi kesehatan.    Namun, perlu diketahui bahwa ternyata sayur bayam juga memiliki bahaya bagi kesehatan tubuh lho! 1. SEJARAH SAYUR BAYAM      Sayuran yang memiliki nama ilmiah Amaranthus sp . ini dianggap sebagai raja sayuran karena kandungan gizinya yang tinggi. Bayam berasal dari Amerika Selatan dan Tengah. Bermula dari suku asli meksiko,Aztec,yang telah membudidayakan bayam berjuta tahun lalu. Dikalangan suku tersebut Bayam merupakan tanaman yang penting dari bagian kebudayaan mereka. Bahkan, mereka membuat patung-patung dewa dari adonan bayam,yang akhirnya akan dimakan. Bukan hanya i...
Posting Komentar
Baca selengkapnya

CARA MENDAPATKAN SERTIFIKAT GRATIS DI MASA PANDEMI

 Hai teman-teman,      Pandemi Covid-19 yang belum kunjung mereda membuat banyak masyarakat jenuh. Keterbatasan untuk mengakses hal-hal baru juga hanya bisa dilakukan dirumah melalui online. Keinginan untuk meningkatkan prestasi juga sulit dilakukan diluar rumah.     Terkadang kita sering merasa down  karena melihat prestasi teman-teman kita yang terus berkembang meskipun di masa pandemi. Tidak sedikit mereka mendapatkan E-Certificate . Daripada menghabiskan waktu untuk hal-hal yang tidak berguna, lebih baik kita meningkatkan kemampuan diri kita di masa pandemi. "Hmmm, pasti bayar nih!"     NO!  Sertifikat ini bisa kalian dapatkan dengan gratis lho! Berikut daftar website untuk mengasah kemampuan teman-teman dan mendapatkan sertifikat gratis! 1) Microsoft 365  Teman-teman bisa kunjungi  link berikut untuk mendapatkan sertifikat gratisnya:  Caranya mudah banget, teman-teman cukup mendaftar menggunakan email teman-teman. Se...
1 komentar
Baca selengkapnya

GAYA REMAJA MASA KINI

PENGERTIAN Gaya hidup merupakan gambaran bagi setiap orang yang menggambarkan seberapa besar nilai moralorang tersebut dalam masyarakat di sekitarnya dan bagaimana cara orang tersebut hidup. Sebagian besar remaja zaman sekarang itu menyalahgunakan gaya hidupnya, apalagi remaja-remaja yang hidup di kota metropolitan. Dan bukan hanya orang-orang di kota metropolitan saja yang mengikuti trend mode di zaman sekarang dahkan di perkampungan dan pedesaan pun banyak yang mengikutinya selagi mereka menanggapi hal itu dengan negatif. Remaja zaman kini itu selalu dikaitkan dengan teknologi. Banyak di sekitar kita wanita yang memakai celana pendek di depan umum yang di ajarkan dalam ajaran islam yaitu harus menutup aurat kecuali telapak tangan dan muka bagi seorang wanita yang beragama islam. Sebagian besar mereka lebih mengikuti trendmode di masa kini, seperti contohnya berpakain seperti orang luar negeri dan bergaya kebarat-baratan. Yang kita tahu bahwa trend mode yang ada di luar negeri itu ...
1 komentar
Baca selengkapnya